鼻咽癌的平均自然生存期为18.7个月(3个月～69个月)，放疗后5年总体生存率为50%-70%。
影响鼻咽癌预后的因素有：

(1)种族。有研究显示，鼻咽癌在不同人种中的局部控制率和总体生存率无明显差别。

(2)性别。预后在男女性别间无明显差别，但也有部分研究认为女性预后好于男性。

(3)年龄。有较多研究认为，年轻患者有较好的局部控制率和生存率。儿童青少年预后好，孕妇和哺乳妇女较易发生远处转移且预后差。

(4)临床分期。分期愈早，预后愈好。许多研究认为，临床分期是影响预后的显著因素。

(5)病理类型。低分化鳞状上皮细胞癌或非角化性癌疗效好，未分化癌预后较差。

(6)治疗方式。有研究显示，连续加速超分割放疗、同期放化疗，加用单克隆抗体C222、血管生成抑制剂等方式疗效较好，在特定亚组患者可提高生存率和/或局部控制率。

(7)其他。一些研究也显示，放疗前血红蛋白水平、Ki-67表达水平可影响鼻咽癌的预后。